El Departamento de Laboratorio Clínico del HRJC posee la tecnología suficiente para realizar una Bioquímica, Hematología y Microbiología diagnóstica básica y cuenta con el apoyo continuo y tecnológico de primera línea de la Fundación Jiménez Díaz.

Destaca en este sentido la elevada automatización del mismo, así como la integración de múltiples sistemas diagnósticos con los sistemas informáticos de los distintos hospitales, lo que da lugar a una transferencia inmediata de la información.