La Docencia es, junto a la asistencia médica y la investigación, uno de los pilares estratégicos del Hospital Universitario Rey Juan Carlos. Por ello, desde su puesta en marcha se constituyó como hospital docente, gracias a un acuerdo que le vincula a la Universidad Rey Juan Carlos. Tanto es así que la implicación del centro con la docencia se extiende a todos los niveles educativos, abarcando desde la ESO a la Formación Especializada en Ciencias de la Salud con Médicos/as Internos Residentes (MIR) y Enfermeros/as Internos/as Residentes (EIR)